Guillermo del Toro racconta una fiaba gotica ricca di suggestioni fantasy, ambientata nel pieno della Guerra Fredda americana e incentrata su una giovane eroina senza voce. A causa del suo mutismo, l'addetta alle pulizie Elisa si sente intrappolata in un mondo di silenzio e solitudine. Incaricate di ripulire un laboratorio segreto, Elisa e la collega si imbattono in un esperimento governativo: una creatura squamosa dall'aspetto umanoide, tenuta in una vasca sigillata piena d'acqua.